Při instalaci je třeba uvažovat roztažnost desek. Z tohoto důvodu se doporučuje využívat systému beztmelého zasklívání (upevňování desek k nosné konstrukci lištami přes pryžové těsnění). V případě potřeby dotmelování detailů se používají zásadně silikonové tmely na polykarbonát.
Polykarbonátové desky se instalují vždy tak, aby strana s UV ochranou byla na venkovní straně a dutinky podélně do spádu. Dutinky se zpravidla zalepují prachotěsnou páskou nebo ukončují polykarbonátovým nebo hliníkovým uzavíracím profilem. V případě použití upevnění šrouby se používají šrouby s gumovými podložkami a otvory se vrtají s tolerancí s ohledem na roztažnost desek. Ochranná fólie se z polykarbonátových desek odstraní ihned po instalaci desek.
